Родиной преподобного было селение Кехта, расположенное в сорока верстах от Архангельска. Будущий подвижник родился в 1478 году в семье земледельцев Никифора и Агафьи и был назван Андреем. Он выделялся среди других детей телесной силой и красотой, а также высокими духовными качествами. Семилетний отрок был отдан в «научение книжное»: обучался грамоте и иконописанию. С детства он имел особенную любовь к храму и чтению религиозных книг.
В двадцать пять лет Андрей лишился своих родителей и отправился в Новгород, на родину отца, где провел пять лет. Там он женился на дочери боярина, но через год супруга его умерла, из-за чего Андрей вернулся в Кехту и, раздав все свое имение, отправился в пределы Каргопольские, в обитель преподобного Пахомия. Единственным желанием будущего святого было желание расстаться с миром и уединиться в монастыре. Игумен Пахомий, по духовному прозрению видя в Андрее Божия избранника, постриг его в монахи с именем Антоний.
Непрестанно нес святой подвиг молитвы, только на самое короткое время предаваясь сну, постоянно постился, вкушая пищу через день и не до сытости. По прошествии года он принял священнический сан. Пять лет Антоний провел в послушании у преподобного Пахомия. В 1513 году оставил обитель, решив уединиться в непроходимых лесах и болотах Севера. Взял он с собой двух братьев, Александра и Иоакима. Первым местом их обитания стало место в трех верстах от селения Шелекса. Число братии вскоре выросло до семи человек. Но недолго они там прожили, через семь лет по настоянию местных крестьян им пришлось оставить это место. Следующим пристанищем стал остров на озере Большом Михайлове, через который протекает река Сия. Местность эта носила пустынный характер, такое уединение так понравилось Преподобному, что он сказал: «Се покой мой, в век века зде вселюся».
Сколько сил было отдано братией на возведение келий и вырубку лесов для возделывания земель! Но земля скудно вознаграждала труды насельников. Преподобный Антоний же всегда поддерживал их своим упованием на помощь Божию. Число братии постепенно росло, и преподобный Антоний решил основать обитель, на что испросил разрешение у князя Василия III.
Было это в 1525 году. Вскоре началось строительство монастыря. Первым был построен храм в честь Пресвятой Живоначальной Троицы. В написании храмовой иконы для него святой Антоний принял непосредственное участие. (Эта икона еще при жизни Преподобного являла чудеса исцеления по его молитвам). Около двух десятилетий обитель претерпевала материальные трудности и стеснения от окрестных жителей. Это тяжелым бременем ложилось на плечи святого Антония, избранного братией игуменом монастыря. Лишь пришедшая со временем помощь от царя Иоанна Грозного и благотворителей изменила жизнь обители. Заботился святой Антоний и о духовной жизни братии, являя ей пример для подражания в жизни монашеской.
В преклонном возрасте игумен не мог принимать участия в трудах братии, а вот молитвенного подвига не оставлял до конца дней своих. Скончался преподобный Антоний в возрасте семидесяти девяти лет. Седьмого декабря 1556 года он отошел ко Господу, закончив свое земное служение, исполненное великих трудов по основанию и благоустройству обители, которую к концу его жизни населяло уже около семидесяти монахов. Велика была скорбь братии по кончине Преподобного. Одно утешение находили они: в обещании святого Антония и по смерти быть неотступно с ними.
